1.定制引物的标准纯度对于大多数pcr应用是足够的。因脱盐而除去的苯甲酰基和异丁酰基很少，因此不会干扰pcr。部分应用需要纯化，以除去在合成过程中的任何非全长序列。这些截断序列的产生是因为dna合成化学的效率不是100％。这是个循环过程，在每个碱基加入时使用重复化学反应，使dna从3'到5'合成。在任何一个循环都可能失败。较长的引物，尤其是大于50个碱基，截断序列的比例很大，可能需要纯化。
2.引物的稳定性依赖于储存条件。应将干粉和溶解的引物储存在-20℃。定制引物以干粉形式运输。最好在te重溶引物，使其最终浓度为100μm。te比去离子水好，因为水的ph经常偏酸，会引起寡核苷的水解。以大于10μm浓度溶于te的引物在-20℃可以稳定保存6个月，但在室温（15℃到30℃）仅能保存不到1周。干粉引物可以在-20℃保存至少1年，在室温（15℃到30℃）最多可以保存2个月。
3.引物的浓度会影响特异性。最佳的引物浓度一般在0.1到0.5μm。较高的引物浓度会导致非特异性产物扩增。引物过多会产生错误引导或产生引物二聚体,过低则降低产量。利用紫外分光光度计,可精确计算引物浓度,在1cm光程比色杯中,260nm下,引物浓度可按下式计算：
x mol/l＝od260/a(16000)+c(70000)+g(12000)+t(9600)。
x：引物摩尔浓度,a、c、g、t：引物中4种不同碱基个数。
4.不要使用寡聚核苷酸作为标准，在eb染色的胶上估算引物浓度，因为引物和标准的染色能力根据序列不同而差异很大。
5.dntp溶液呈酸性，普通厂家的dntp溶液一般均未调ph，应用1mol/l naoh或1m tris.hcl的缓冲液将dntp贮存液ph调至7.0，以保证反应的ph值不低于7.1。再用紫外分光光度计定量。配成5-10mmol/l并分装,-20℃贮存。多次冻融会使dntp降解。
6.决定低dntp浓度的因素是靶序列dna的长度和组成，理论上在100μl反应体系中，4×dntps浓度若用20μmol/l，基本满足合成2.6μg dna或10pmol的400bp序列,50μmol/l的4×dntps可以合成6.6μg dna,而200μmol/l足以合成25μg/dna。
7.在pcr反应中，dntp应为50-200umol/l，当dntp终浓度大于50mmol/l时可抑制taq dna聚合酶的活性。4种dntp的浓度应该相等,以减少合成中由于某种dntp的不足出现的错误掺入。
8.dntp含有磷酸根，能与mg2+结合，使游离的mg2+浓度降低。其浓度变化将影响mg2+的有效浓度。标准反应体系中4×dtnps的总浓度为0.8mmol/l，低于1.5mmol/l的mg2+浓度。因此，在高浓度dna及dntp条件时，必须相应调整mg2+的浓度。
关键词：紫外分光光度计 分光光度计