从近几年对全国各苹果栽植区矮化中间砧果园的调查情况来看，部分果农对矮化中间砧苗木的栽植方法还未完全掌握，如基砧（海棠砧木）和矮化砧木在栽植时怎样培土，矮化中间砧木露出地面多少厘米都不清楚。因而在栽植矮化中间砧苹果树苗的过程中，栽植方法五花八门，质量也是良莠不齐。有的矮化砧木段完全露在地面以上，有的把基砧及矮化段全培在地面以下。进入结果期后，栽植过浅的树苗由于矮化砧木全部露在外面，哀弱非常快。而栽植过深会大大降低树苗的成活率，造成树苗残缺不全。
矮化中间砧苹果树苗由于有基砧和矮化中间砧两部分砧木，所以品种嫁接口以下部分较长，如果定植过深，根系所处的土壤温度较低，新根发生较慢。如果此时地上部温度较高，而新根发生少或沒有新发根，会造成地上部部分失水，影响苗木的栽植成活率。因此在栽植矮化中间砧苗木时，要深栽浅培。
第一次培土应保持在基砧部位，不能超过基砧。
第二次培土应在萌芽长至5-10厘米进行，培土至中间砧木由下往上的三分之一处。
第三次培土应在7月上中旬，培土至中间砧木露出地面5-10厘米，整个果园内所有矮化中间砧苗木的培土深度要保持一致。