公司清算时保护债权人的方法是：
1.清算组清理公司财产，编制资产负债表和财产清单；
2.公司的债务人应当向公司清偿债务；
3.清算组以公司财产清偿债务；
4.剩余财产按照股东的出资比例或者股东持有的股份比例进行分配。
《民法典》第六百八十七条，当事人在保证合同中约定，债务人不能履行债务时，由保证人承担保证责任的，为一般保证。
一般保证的保证人在主合同纠纷未经审判或者仲裁，并就债务人财产依法强制执行仍不能履行债务前，有权拒绝向债权人承担保证责任，但是有下列情形之一的除外：
（一）债务人下落不明，且无财产可供执行；
（二）人民法院已经受理债务人破产案件；
（三）债权人有证据证明债务人的财产不足以履行全部债务或者丧失履行债务能力；
（四）保证人书面表示放弃本款规定的权利。
二、公司破产清算程序
公司破产清算的程序有：
1.宣报破产后进入破产清算；
2.成立清算组；
3.破产企业的全面接管；
4.破产企业的财务审计；
5.破产财产的清理、清算；
6.破产债权；
7.债权人会议；
8.和解；
9.破产财产的处理与分配；
10.破产终结。
三、公司职工能否申请破产清算
员工一般是不可以申请公司破产清算的，除非员工是债权人。首先，企业破产是指企业法人不能清偿到期债务，并且资产不足以清偿全部债务或者明显缺乏清偿能力的，按照有关法律的规定清理债务。而清理债务则必须强调存在债权债务关系，因此根据《企业破产法》的相关规定，职工是没有资格申请企业破产的，具有申请企业破产资格的只有债权人和债务人（破产企业）。