已经超过诉讼时效的民事案件，法院不会直接判决原告败诉，只有在被告提出诉讼时效抗辩的时候，法院才会判决原告败诉。如果被告没有提出诉讼时效抗辩，原告有足够的证据证明，法院不能主动适用诉讼时效，应该判决支持原告胜诉请求。已过诉讼时效案件法院如何判决的法律依据
《民法典》第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。