1. 设备投资
在某些情况下，柔印和凹印设备价格是可以比较的，但在更多情况下，两者比较没有意义。我国进口窄幅柔印机价格在50万美元左右，而另一些价格会达到80-100万美元。两者相差60%-100%。产生如此大差距的原因是制造商不同、配置和技术规格不同。
现在，既能提供凹印机又能提供柔印机的厂家正在增加。以前，一台柔性版印刷机的成本只有一台好凹版印刷机的50%。但随着凹柔印技术的不断进步，差距也在不断缩小。柔性版印刷机的改进包括：压印滚筒、墙板、温度控制、传动系统、张力控制系统、印刷单元刚性、独立传动等。现在，在可比条件下：
a. 机组式凹印机比卫星式柔印机的价格高20-25%；
b. 机组式凹印机和机组式柔印机价格差小于上述值。
2. 制版周期和成本
柔印在这方面占有明显优势，凹版的生产成本最多可达柔性版的2倍。与凹版印刷相比，柔印机料带长度短，传动功率消耗可减少50%。此外，干燥所需的热风较少，这意味着柔性版印刷机的运行成本也少于凹版印刷。在柔性版印刷中，各种批量的成本变化不大：小批量有较大优势，在中等批量中成本低2-3%，但凹版在长版活印刷时成本降低较大，与柔性版相比反而有优势，这一成本交叉点在大约50000-75000米左右。
从制版成本角度考虑，如果单纯一套版的成本，柔印要比凹印成本低得多，而对于重复印刷的产品来说，凹印的制版成本有竞争优势。柔印的制版费是凹印的30%左右，成本要低许多，但耐印率是凹印的10%，对短版产品，印刷质量要求不高的产品来说，应采用柔印，特别是卫星式柔印操作简单，套准快，损耗明显低于凹印，运行成本也低得多；但柔印制版时，3%以下的小网点容易丢失，凹印一般无此担忧，所以对于精细产品，特别是长版或高附加值产品，应采用凹印。
目前传统柔性版版材以平张为主，当粘贴到弧面辊筒上时，由于版材的厚度和粘贴胶布的厚度误差，加上版材的弯曲变形补偿尺寸误差，以及人为因素，难以控制由此带来的套印误差问题，凹印却无此大问题。