（1）研究dna结合蛋白和其相关的结合序列相互作用；
（2）可用于dna定性和定量分析；
（3）用于研究rna结合蛋白和特定的序列的相互作用。
凝胶迁移或电泳迁移率实验
凝胶迁移或电泳迁移率实验结合蛋白和其相关的结合序列相互作用的技术，可用于定性和定量分析。这一技术zui初用于研究结合蛋白，目前已用于研究结合蛋白和特定的序列的相互作用。
通常将纯化的蛋白和细胞粗提液和同位素标记的探针一同保温，在非变性的聚丙烯凝胶电泳上，分离复合物和非结合的探针复合物比非结合的探针移动得慢。同位素标记的探针依研究的结合蛋白的不同，可是双链或者是单链。当检测如转录调控因子一类的结合蛋白，可用纯化蛋白，部分纯化蛋白，或核细胞抽提液。在检测rna结合蛋白时，依据目的结合蛋白的位置，可用纯化或部分纯化的蛋白，也可用核或胞质细胞抽提液。竞争实验中采用含蛋白结合序和寡核苷酸片段（特异）， 和其它非相关的片段（非特异），合蛋白的特异性。在竞争的特异和非特异片段的存在下，依据复合物的特点和强度来确定特异结合。