造成峰丢失的故障原因有两种：一是气路中有污染，另一可能是峰没有分开。
一种情况可通过多次空运行和清洗气路（进样口、检测器等）来解决。
1）为了减少对气路的污染，可采用以下的措施：程序升温的后阶段应有一个高温清洗过程；
（2）注入进样口的样品应当清洁；
（3）减少高沸点的油类物质的使用；
（4）使用尽量高的进样口温度、柱温和检测器温度。
峰丢失的第二种情况是峰没有分开，除了以上原因外，其也有可能是因系统污染造成的柱效下降造成，或者是由于柱子老化导致的，但柱子老化所造成的峰丢失是渐进的、缓慢的。假峰一般是由于系统污染和漏气造成的，其解决方法也是通过检查漏气和去除污染来解决。在平时的工作中应当记录正常时基线的情况，以便在维护时作参考。