软件版权纠纷的处理方案如下：原则上应先由当事人协商处理。若协商不成的，可以申请有关机构介入调解，调解不成的，可以根据仲裁协议或仲裁条款申请仲裁。若前述方法均不能解决的，可以起诉解决。软件版权纠纷如何处理的法律依据
《中华人民共和国著作权法》第六十条著作权纠纷可以调解，也可以根据当事人达成的书面仲裁协议或者著作权合同中的仲裁条款，向仲裁机构申请仲裁。当事人没有书面仲裁协议，也没有在著作权合同中订立仲裁条款的，可以直接向人民法院起诉。第六十一条当事人因不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定而承担民事责任，以及当事人行使诉讼权利、申请保全等，适用有关法律的规定。第六十二条本法所称的著作权即版权。