在工厂工作缴纳了社保之后，是不再需要缴纳农村合作医疗的费用的；社保中即包括了与农合冲突的医疗保险。我国《社会保险法》规定，职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。在工厂交了社保还需要交农村合作医疗吗的法律依据
《中华人民共和国社会保险法》第二十三条职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。第二十四条国家建立和完善新型农村合作医疗制度。新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。