地下水监测以浅层地下水(又称潜水)为主，应尽可能利用各水文地质单元中原有的水井(包括机井)。还可对深层地下水(也称承压水)的各层水质进行监测。
a、背景值监测点的设置：背景值采样点应设在污染区的外围不受或少受污染的地方。对于新开发区，应在引入污染源之前设立背景值监测点。b、监测井的布设：对于工业区和重点污染源所在地的监测井(点)布设，主要根据污染物在地下水中的扩散形式确定。例如，渗坑、渗井和堆渣区的污染物在含水层渗透性较大的地区易造成条带状污染；污灌区、污养区及缺乏卫生设施的居民的污水渗透到地下易造成块状污染，此时监测井(点)应设在地下水流向的平行和垂直方向上，以监测污染物在两个方向上的扩散程度。一般监测井在液面下0.3～0.5m处采样。若有多含水层分布，可按具体情况分层采样。