离子对色谱法是将一种 ( 或多种 ) 与溶质分子电荷相反的离子 ( 称为对离子或反离子 ) 加到流动相或固定相中，使其与溶质离子结合形成疏水型离子对化合物，从而控制溶质离子的保留行为。其原离子色谱仪流程示意理可用下式表示：x 水相 y-水相 === x y-有机相.
式中：x 水相--流动相中待分离的有机离子（也可是阳离子）；y-水相--流动相中带相反电荷的离子对（如氢氧化四丁基铵、氢氧化十六烷基*铵等）；x y---形成的离子对化合物。
当达平衡时：
kxy = [x y-]有机相/[ x ]水相[y-]水相
根据定义，分配系数为：
dx= [x y-]有机相/[ x ]水相= kxy [y-]水相
离子对色谱法(特别是反相)发解决了以往难以分离的混合物的分离问题，诸如酸、碱和离子、非离子混合物，特别是一些生化试样如核酸、核苷、生物碱以及药物等分离。
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