2) 循环的次数过多。适当增加模板的量，减少循环次数。
3) 酶的用量偏高或酶的质量不好。应降低酶量或调换另一来源的酶。
4)退火温度偏低，退火及延伸时间偏长。应提高退火温度，减少变性与延伸时间，也可采用二种温度的pcr扩增。以2度为梯度设计梯度pcr反应优化退火温度。
5) 样品处理不当。
6) mg2+浓度偏高。因适当调整mg2+使用浓度。
7) 若为pcr试剂盒。也可能时试剂盒本身质量有问题。
8) 复制提前终止。使用非热启动的聚合酶时常有发生。冰上准备反应体系或采用热启动聚合酶。
9)反应缓冲液未*融化或未充分混匀。确保反应缓冲液融化*并*混匀。
10) 引物特异性差。利用blast检查引物特异性或重新设计引物。
11) 引物量过多。减少反应体系中引物的用量。
12) 模板量过多。质粒dna的用量应<50ng，而基因组dna则应<200ng。
13) 外源dna污染。确保操作的洁净。