一、对细胞悬浮液进行 annexin v 染色后，通过流式细胞仪可以有效地识别细胞凋亡早期脂质双层的变化。但是，这种检测不太适合完整的组织标本，否则结果难以量化和解释。
二、其他细胞凋亡标记，如 cleaved caspase-3 和核酶多聚二磷酸腺苷核糖 (adp-ribose) 聚合酶 (parp)，更适合用传统的免疫组织化学方法在组织切片中检测。
三、使用 dna 染料染色（例如 dapi 和 hoeschst 33342）来观察染色质凝聚。
四、使用末端脱氧核苷酸转移酶介导 dutp 缺口末端标记法 (tunel) 检测以及其他亚细胞定位标记（包括 细胞色素 c 从线粒体到细胞质的转位）确定 dna 链断裂和碎片裂解。
五、线粒体膜电位是细胞健康状态的关键指标，其损耗与非活性、功能失调的线粒体，因此，它是细胞凋亡的早期指标，可以在与细胞可渗透阳离子染料 tmre（四甲基罗丹明乙酯）孵育后进行检测。tmre 通常在健康完整线粒体中累积，因此，当线粒体膜电位被破坏时，荧光强度降低。
六、生长因子和细胞因子通过pi3k/akt 途径诱导的信号转导会导致促凋亡的 bcl-2 家族成员 bad、bax、caspase-9、gsk-3 和 foxo1 的磷酸化和抑制，以及抗细胞凋亡蛋白如 bcl-2 的上调。
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