提出行政许可申请的主要方式是：首先，申请人提出申请，必须有真实、明确的意思表示，不得含糊其辞，使行政机关难以判断。其次，对于法律、法规规定有申请期限的许可，申请应当在法定期限内提出。最后，代理人受申请人的委托提出申请，应当向行政机关出示能证明其身份的证件。
怎么提出行政许可申请的法律依据
《交通行政许可实施程序规定》 第九条
申请人可以委托代理人代为提出交通行政许可申请，但依法应当由申请人到实施机关办公场所提出行政许可申请的除外。代理人代为提出申请的，应当出具载明委托事项和代理人权限的授权委托书，并出示能证明其身份的证件。