首先，牙科污水经过初级过滤，去除大颗粒的固体物质和沉淀物。
然后进入生物反应器，通过生物降解作用将有机物分解为无机物，其中常用的生物降解方法包括厌氧处理和好氧处理。在厌氧处理中，部分微生物通过厌氧呼吸代谢有机物质，产生甲烷等有机物；在好氧处理中，微生物通过氧化有机物质来降解有机物。
经过生物降解后，牙科污水进入沉淀池，沉淀池中的微生物、悬浮物和胶体物质会沉淀到污泥层，并进行二次沉淀。
最后，经过沉淀后的水体进入消毒处理单元，通常使用紫外线照射以杀灭残留的细菌和病毒。
整个处理过程中，还可以根据需要添加化学药剂来促进污水处理，例如添加絮凝剂来加速悬浮物的沉淀。
最终，经过以上步骤处理后的水体达到国家排放标准，可以安全地排放或循环使用。