医院污水处理流程选择是医院污水处理设计的关键，流程是否将直接影响处理效果、工程投资、运行以及管理安等问题。确定工艺流程要依据医院的性质、处理要求、排污去向以及技术条件等因素，其基本原则是：
一、根据医院污水的排向和处理要求确定医院污水处理的别。如医院污水是排入城市下水道，则根据《污水排入城市下水道的水质》和《医院污水排放》要求，可采用一处理消毒的工艺流程。如污水是直接排入地面水体，则应按《污水综合排放》要求进行处理，通常需要用二处理消毒工艺。如特殊要求时，甚至需要采用三处理工艺，如在水源二保护区以外的地面水三水域或污水回用时。
二、根据医院污水排出口的标高和所接入的城市下水道的标高之差，确定是采用自排式还是提升式的消毒工艺。高差大于600mm即可以采用虹吸定比自排式消毒工艺，高差较小时可采用声波自动定比投氯消毒工艺或提升式定比投氯消毒工艺。
三、根据医院性质、规模和技术条件选择消毒剂的种类。一般大中型医院使用液cl消毒工艺。在人口稠密的地方可采用次氯酸钠消毒工艺。条件的传染病医院可采用臭氧消毒工艺、小型医院可采用氯片消毒工艺。四、放射性废水、重金属废水及其他特殊废水应分别采取相应的处理工艺，如放射性废水采旧衰变贮存池处理，重金属废水可采用化学法或离子交换法处理。