计算民营医疗机构土地使用税的方式是：以纳税人实际占用的土地面积为计税依据，土地使用税每平方米年税额最低大城市0.6元，最高30元，在城市、县城、建制镇、工矿区范围内使用土地的单位和个人均应缴纳土地使用税。民营医疗土地使用税怎么计算的法律依据
《中华人民共和国城镇土地使用税暂行条例》第三条土地使用税以纳税人实际占用的土地面积为计税依据，依照规定税额计算征收。前款土地占用面积的组织测量工作，由省、自治区、直辖市人民政府根据实际情况确定。第四条土地使用税每平方米年税额如下：（一）大城市1.5元至30元；（二）中等城市1.2元至24元；（三）小城市0.9元至18元；（四）县城、建制镇、工矿区0.6元至12元。