首先通过pcr扩增含有snp的基因[1]组片段，然后通过序列特异性引物实现单碱基延伸，随后样品分析物与芯片基质共结晶后在真空管中受瞬时纳秒 (10-9s) 强激光激发。核酸分子因此解吸附成为单电荷离子，由于电场中离子飞行时间与离子质量成反比，通过检测核酸分子在真空管中的飞行时间而获得样品分析物的分子量，从而检测出snp位点信息。
2、主要特点
时间飞行质谱（maldi-tof）完成的snp检测准确率可达99.9%，除了准确性高、灵活性强、通量大、检测周期短等优势外，zui有吸引力的应该还是它的性价比。飞行时间质谱平台（maldi-tof）是通用的基因单核苷酸多态性（snp）的研究平台，该方法凭借其科学性和准确性已经成为该领域的金标准。
3、主要方法
1. taqman探针法
针对染色体上的不同snp位点分别设计pcr引物和taqman探针，进行实时荧光pcr扩增。探针的5’-端和3’-端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团。当溶液中存在pcr产物时，该探针与模板退火，即产生了适合于核酸外切酶活性的底物，从而将探针5’-端连接的荧光分子从探针上切割下来，破坏两荧光分子间的pret，发出荧光。通常用于少量snp位点分析。
2. snapshot法
该技术由美国应用生物公司（abi）开发，是基于荧光标记单碱基延伸原理的分型技术，也称小测序，主要针对中等通量的snp分型项目。在一个含有测序酶、四种荧光标记ddntp、紧临多态位点5’-端的不同长度延伸引物和pcr产物模板的反应体系中，引物延伸一个碱基即终止，经abi测序仪检测后，根据峰的移动位置确定该延伸产物对应的snp位点，根据峰的颜色可得知掺入的碱基种类，从而确定该样本的基因型。对于pcr产物模板可通过多重pcr反应体系来获得。通常用于10-30个snp位点分析。
3. hrm法
高分辨率熔解曲线分析（hrm）是近几年兴起的snp研究工具，它通过实时监测升温过程中双链dna荧光染料与pcr扩增产物的结合情况，来判断是否存在snp，而且不同snp位点、是否是杂合子等都会影响熔解曲线的峰形，因此hrm分析能够有效区分不同snp位点与不同基因型。这种检测方法不受突变碱基位点与类型的局限，无需序列特异性探针，在pcr结束后直接运行高分辨率熔解，即可完成对样品基因型的分析。该方法无需设计探针，操作简便、快速，成本低，结果准确，并且实现了真正的闭管操作。