合作医疗可以补缴，因为合作医疗是按年缴费的。目前我国医疗的补助政策是建立和完善新型农村合作医疗制度，关于新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。
合作医疗能补交吗？的法律依据
《社会保险法》第二十三条
职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。
《社会保险法》第二十四条
国家建立和完善新型农村合作医疗制度。新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。
《社会保险法》第二十六条
职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。