当实验室级别为一级时一般无须使用生物安全柜，或使用ⅰ级生物安全柜。
实验室级别为二级时，当可能产生微生物气溶胶或出现溅出的操作时，可使用ⅰ级生物安全柜；当处理感染性材料时，应使用部分或全部排风的ⅱ级生物安全柜；若涉及处理化学致癌剂、放射性物质和挥发性溶媒，则只能使用ⅱ-b级全排风(b2型)生物安全柜。
实验室级别为三级时，应使用ⅱ级或ⅲ级生物安全柜；所有涉及感染材料的操作，应使用全排风型ⅱ-b级(b2型)或ⅲ级生物安全柜。实验室级别为四级时，应使用ⅲ级全排风生物安全柜。当人员穿着正压防护服时，可使用ⅱ-b级生物安全柜。
需要特别指出的是，ⅰ、ⅱ级生物安全柜主要是靠操作窗口吸入的负压气流或垂直下降气流形成的气流屏障起到保护人员或操作样品的作用，但这种由气流作用形成的局部隔离环境并不是绝对安全的。
综上，在进行生物安全柜的选型时必须综合考虑实验操作对象的性质类别、安全防护需求、实验室本身状况以及经济节能的需求，使其既能满足实际实验工作的需求又能达到安全的目的。