行使抗辩权的限制有：1、同时履行抗辩权只能在当事人互负债务，没有先后履行顺序的情况下行使；2、先履行抗辩权只能在有先后履行顺序，先履行一方未履行的情况下行使；3、后履行抗辩权只能在有先后履行顺序，后履行一方未履行的情况下行使。抗辩权行使程序中的限制的法律依据
《中华人民共和国民法典》第五百二十五条当事人互负债务，没有先后履行顺序的，应当同时履行。一方在对方履行之前有权拒绝其履行请求。一方在对方履行债务不符合约定时，有权拒绝其相应的履行请求。第五百二十六条当事人互负债务，有先后履行顺序，应当先履行债务一方未履行的，后履行一方有权拒绝其履行请求。先履行一方履行债务不符合约定的，后履行一方有权拒绝其相应的履行请求。