2、选择性高：由于液相色谱柱具有高柱，并且流动相可以控制和改善分离过程的选择性。因此，高效液相色谱仪不仅可以分析不同类型的有机化合物及其同分异构体，还可以分析在性质上极为相似的旋光异构体，并已在高疗效的合成药物和升华药物的生产控制分析中发挥了重要作用。
3、检测灵敏度高：在高效液相色谱仪中使用的检测器大多数都具有较高的灵敏度。如被广泛使用的紫外吸收检测器，最小检出量可达 10 9 g，用于痕量分析的荧光检测器，最小检出量可达 10 -12 g。
4、分析速度快：:由于高压输液泵的使用，相对于经典液相色谱，其分析时间大大缩短，当输液压力增加时，流动相流速会加快，完成一个样品的分析时间仅需几分钟到几十分钟。