一、农村房屋拆迁违法纠纷怎么办理
1.行政复议。认为行政主体的具体行政行为侵犯了其合法权益，可以向行政复议机关提出复议申请，行政复议机关依法对该具体行政行为进行合法性、适当性审查，并作出行政复议决定的行政行为。
2.行政诉讼。对于拆迁单位作出的赔偿标准或未依照法律规定进行补偿的，被拆迁人可以向法院提起诉讼。
3.征地补偿协调裁决。对补偿标准有争议的，由县级以上地方人民政府协调;协调不成的，由批准征用土地的人民政府裁决，机制分为协调、裁决两个部分，协调是裁决的前置，未经协调的不能进入裁决。
二、拆迁诉讼时效是多久
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护;有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
三、农村拆迁纠纷法院怎么处理的
应当是根据案件的审理情况来进行确定。
《土地管理法》第四十七条
国家征收土地的，依照法定程序批准后，由县级以上地方人民政府予以公告并组织实施。
县级以上地方人民政府拟申请征收土地的，应当开展拟征收土地现状调查和社会稳定风险评估，并将征收范围、土地现状、征收目的、补偿标准、安置方式和社会保障等在拟征收土地所在的乡(镇)和村、村民小组范围内公告至少三十日，听取被征地的农村集体经济组织及其成员、村民委员会和其他利害关系人的意见。
多数被征地的农村集体经济组织成员认为征地补偿安置方案不符合法律、法规规定的，县级以上地方人民政府应当组织召开听证会，并根据法律、法规的规定和听证会情况修改方案。
拟征收土地的所有权人、使用权人应当在公告规定期限内，持不动产权属证明材料办理补偿登记。县级以上地方人民政府应当组织有关部门测算并落实有关费用，保证足额到位，与拟征收土地的所有权人、使用权人就补偿、安置等签订协议;个别确实难以达成协议的，应当在申请征收土地时如实说明。
相关前期工作完成后，县级以上地方人民政府方可申请征收土地。