微波干燥设备与微波马弗炉的机理不同，前者是从内到外加热，后者则是从外向内加热。加热机理的不同，导致微波马弗炉与微波干燥设备的控温难度不同。在微波作用后，内部温度会远远高于外部你所测得的温度。不同的物质其吸收微波的效率不一样，在微波照射下，分子摩擦产生热能，有的物质（如非极性）不吸收微波，所以微波焙烧是受有点限制的，与常规的热传导焙烧是有区别的。
由于微波具有穿透到物质内部的本领，穿透的深度一般是从几毫米到几十厘米的范围，随频率不同而异。所以除了极大的物体外，微波能做到被加热的物体里外同时加热，不会出现外焦里不熟的夹生现象。用一般的加热方法时，首先是加热周围的环境，然后借热量的传递或通过热空气的对流，使物质的表面先热，再通过物体的热传导传到内部。而由于微波马弗炉是物质的里外同时加热，所以就大大缩短了加热时间。由于微波加热具有这个特点，所以在工农业中应用它就能大大提高劳动生产率，提高产品产量和质量。
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