pcr反应体系由反应缓冲液（10×pcr buffer）、脱氧核苷三磷酸底物（dntpmix）、耐热dna聚合酶（taq酶）、寡聚核苷酸引物（primer1，primer2）、靶序列（dna模板）五部分组成。各个组份都能影响pcr结果的好坏。1． 反应缓冲液：一般随taq dna聚合酶供应。标准缓冲液含：50mm kcl，10mm tris-hcl（ph8.3室温），1.5mm mgcl2。mg2+的浓度对反应的特异性及产量有着显著影响。浓度过高，使反应特异性降低；浓度过低，使产物减少。在各种单核苷酸浓度为200μm时，mg2+为1.5mm较合适。若样品中含edta或其它螯合物，可适当增加mg2+的浓度。在高浓度dna及dntp条件下进行反应时，也必须相应调节mg2+的浓度。据经验，一般以1.5-2mm（终浓度）较好。2． dntp ：高浓度dntp易产生错误掺入，过高则可能不扩增；但浓度过低，将降低反应产物的产量。pcr中常用终浓度为50-400μm的dntp。四种脱氧三磷酸核苷酸的浓度应相同，如果其中任何一种的浓度明显不同于其它几种时（偏高或偏低），就会诱发聚合酶的错误掺入作用，降低合成速度，过早终止延伸反应。此外，dntp能与mg2+结合，使游离的mg2+浓度降低。因此，dntp的浓度直接影响到反应中起重要作用的mg2+浓度。3． taq dna聚合酶酶：在100μl反应体系中，一般加入2-4u的酶量，足以达到每min延伸1000-4000个核苷酸的掺入速度。酶量过多将导致产生非特异性产物。但是，不同的公司或不同批次的产品常有很大的差异，由于酶的浓度对pcr反应影响极大，因此应当作预试验或使用推荐的浓度。当降低反应体积时（如20μl或50μl），一般酶的用量仍不小于2u，否则反应效率将降低。4． 引物：引物是决定pcr结果的关键，引物设计在pcr反应中极为重要。要保证pcr反应能准确、特异、有效地对模板dna进行扩增，通常引物设计要遵循以下几条原则：⑴ 引物的长度以15-30bp为宜，一般（g+c）的含量在45-55%，tm值高于55℃［tm=4(g+c)+2(a+t)］。应尽量避免数个嘌呤或嘧啶的连续排列，碱基的分布应表现出是随机的。⑵ 引物的3’端不应与引物内部有互补，避免引物内部形成二级结构，两个引物在3’端不应出现同源性，以免形成引物二聚体。3’端末位碱基在很大程度上影响着taq酶的延伸效率。两条引物间配对碱基数少于5个，引物自身配对若形成茎环结构，茎的碱基对数不能超过3个由于影响引物设计的因素比较多，现常常利用计算机辅助设计。⑶ 人工合成的寡聚核苷酸引物需经page或离子交换hplc进行纯化。⑷ 引物浓度不宜偏高，浓度过高有两个弊端：一是容易形成引物二聚体（primer-dimer），二是当扩增微量靶序列并且起始材料又比较粗时，容易产生非特异性产物。一般说来，用低浓度引物不仅经济，而且反应特异性也较好。一般用0.25-0.5pm/μl较好。⑸ 引物一般用te配制成较高浓度的母液（约100μm），保存于-20℃。使用前取出其中一部分用ddh2o配制成10μm或20μm的工作液。5． 模板：pcr对模板的要求不高，单、双链dna均可作为pcr的样品。虽然pcr可以用极微量的样品（甚至是来自单一细胞的dna）作为摸板，但为了保证反应的特异性，一般还宜用μg水平的基因组dna或104拷贝的待扩增片段作为起始材料。原材料可以是粗制品，某些材料甚至仅需用溶剂一步提取之后即可用于扩增，但混有任何蛋白酶、核酸酶、taq dna聚合酶抑制剂以及能结合dna的蛋白，将可能干扰pcr反应。6． pcr循环加快，即相对减少变性、复性、延伸的时间，可增加产物的特异性。