厌氧生物处理：厌氧生物处理指的是在没有分子氧的环境中，利用厌氧菌以及兼性菌的代谢功能，对化工制药废水中的有机污染物进行有效降解，使其分解成为二氧化碳、甲烷、水等。这种处理方式的优点是低成本、低能耗、污泥产量小等，缺点是处理过后的水质相对较差，一般都是需要进一步处理才可以达到排放标准。在我国国内，处理化学制药废水的厌氧工艺主要有三种，分别是：上流式厌氧污泥床、厌氧复合床以及厌氧折流板反应器。其中对于上流式厌氧污泥床的研究相对较多，并且应用也是为广泛的。其优点是不易堵塞，同时还可以将气、固、液进行一体化分离、污泥颗粒化处理。但是这项工艺还不是十分成熟，仍存在一些亟待解决的问题。
固定化技术：固定化技术的使用就是将水体中的微生物固定在特定区域内，并且保持微生物原有的生物功能，从而达到反复利用的目的。目前固定化技术已经被应用到了许多种类的化工制药废水处理过程中，比如扑尔敏、四环素、*等制药废水。此外，固定化技术还可以在sbr法中应用，从而处理氨氮含量相对较高的化工制药废水。
