傅里叶红外蛋白分析仪配有着于蛋白质分析的软件，能快速的比对天然结构和配方蛋白质之间的差异。 这个数据库包括了50种已知蛋白的二级结构的傅立叶红外光谱，数据是在严格控制的条件下获得，与结晶的方法测得的结构一致，是zui大商业化的蛋白质红外数据库。傅里叶红外蛋白分析仪是一种干涉型红外光谱仪，由光学系统、电子电路、计算机数据处理、接口和显示系统等部分组成。其光学系统由光源、动镜、定镜、分束器、检测器等几个主要部分组成。
傅里叶红外蛋白分析仪的定性分析：
一般采用三种方法：用已知标准物对照、标准谱图查对法和直接谱图解析法。
1、已知物对照应由标准品和被检物在*相同的条件下，分别绘制红外光谱图进行对照，谱图相同则肯定为同一化合物。
2、标准谱图查对法是一种直接、可靠的方法。在用未知物谱图查对标准谱图时，须注意测定所用傅里叶红外光谱仪与绘制标准谱图的在分辨率和精度上的差别，可能导致某些峰细微结构的差别;未知物与标准谱图的测定条件必须一致，否则谱图会出现很大差别;必须注意引入杂质吸收带的影响。如kbr压片可能吸水而引入水吸收带等。
3、对于未知化合物，可按照如下步骤解析谱图：先从特征频率区入手，找出化合物含有的主要官能团;指纹区分析，进一步找出官能团存在的依据;仔细分析指纹区谱带位置、强度和形状，确定化合物的可能结构;对照标准谱图，配合其他鉴定手段，进一步验证。
傅里叶红外蛋白分析仪具有分辨率高、扩展性好、性能稳定、操作简便、使用寿命长、维护成本低等特点，其产品性能及主要技术指标均已达到同类产品*水平。广泛应用于医药、化工、石油、环保、食品、材料、国防、半导体、光学等领域，是实验室科研以及企业生产*的分析测试工具。