分公司和总公司的发票应作以下处理：1、若是独立核算的，可以相互开发票，但需要按市场公允价格来计算，否则涉嫌关联交易；2、若不是独立核算且在同一个区域内，或者经税务机关审批同意汇总缴纳的，可以汇总来汇算企业所得税；3、其他处理方式。分公司和总公司发票怎么处理的法律依据
《中华人民共和国公司法》第七条依法设立的公司，由公司登记机关发给公司营业执照。公司营业执照签发日期为公司成立日期。公司营业执照应当载明公司的名称、住所、注册资本、经营范围、法定代表人姓名等事项。公司营业执照记载的事项发生变更的，公司应当依法办理变更登记，由公司登记机关换发营业执照。第十四条公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。