1.蚜虫
可危害独本菊的蚜虫有棉蚜、桃蚜、菊蚜及舌尾蚜等多种，本类害虫属小型杂食性昆虫。体色变化很多，从黄绿、淡绿、暗绿、黄褐至黑褐色等均有。无翅型与有翅型虫体同时存在，甚至不同种类的蚜虫同时发生的现象。
蚜虫多群聚在盆菊的心芽、幼叶、叶柄、花苞、花瓣上或下层老叶的叶背，刺吸盆菊汁液，使被寄生部位卷曲、枯萎，甚至造成煤烟，降低独本菊的外观品质而无商品价值。因蚜虫繁殖能力强，不眠不休的胎生生殖，只要有少数虫体存在较隐密部位未被发现，经数日后虫体或蜕皮屑就布满植株，成为显著的危害症状。故而独本菊出苗圃前的一个星期，应消灭虫源，方能保证独本菊的品质。
2.粉虱
危害独本菊的粉虱有温室粉虱及银叶粉虱。以口器刺吸植株汁液，当虫体多时可使叶表褪色、卷曲、萎缩甚至脱落，也诱发煤烟及病毒病，重则使植株生育衰竭枯死，轻则独本菊外观品质受损。粉虱繁殖力强，只要有少数活虫存在，经过短时间的繁殖可造成严重危害。故而清除虫源以维持栽培环境干净是首要工作。
3.蓟马
危害独本菊的蓟马有：台湾花蓟马、花蓟马、菊花蓟马、南黄蓟马、小黄蓟马及葱蓟马等，前二者常见于花部，以花瓣组织为食物，因其产卵以及口器锉吸花瓣汁液，均可在花瓣上留下白色或褐色斑点，轻者独本菊外观受损，重者产量损失严重。后者以叶片为食，幼虫孵化后与成虫均在叶片锉吸汁液，致叶片出现灰白斑点及黑色排泄物，严重时叶片上斑点转为红褐色而干枯，开花时也会爬到花部取食危害。
4.螨类
危害独本菊的螨类有二点叶螨、神泽叶螨及茶细叶螨等。
二点叶螨、神泽叶螨繁殖力强，高温的夏天在14d、21d内可增殖至原虫数的数百倍，螨密度高时，会在叶片、花上结网。通常成、若虫在叶背刺吸汁液，破坏叶片内叶绿素，致使叶表留下许多灰白色斑点，甚而使叶片布满虫尸及蛛网枯焦、脱落，影响植株生育及外观品质。
茶细叶螨，成、幼、若虫均可刺吸幼嫩组织汁液，留下伤口，并于刺吸时释放毒液于组织内，导致生长不正常，待叶片展开时被害症状也出现，叶片变形，皱缩卷曲，叶色变深及变硬脆等，且叶背有萤光褐化的现象，被害枝提早开花与谢花，致使独本菊花期不整齐，会严重影响独本菊外观品质。