合同有效但不能履行应作以下处理：1、因不可抗力导致合同无法履行的，应当根据具体情况，部分或者全部免除责任，但是法律另有规定的除外；2、因当事人一方原因导致合同无法履行的，另一方有权解除合同，因此造成损失的，可以申请赔偿；3、其他处理办法。合同有效但不能履行怎么处理的法律依据
《中华人民共和国民法典》第一百八十条因不可抗力不能履行民事义务的，不承担民事责任。法律另有规定的，依照其规定。不可抗力是不能预见、不能避免且不能克服的客观情况。第五百九十条当事人一方因不可抗力不能履行合同的，根据不可抗力的影响，部分或者全部免除责任，但是法律另有规定的除外。因不可抗力不能履行合同的，应当及时通知对方，以减轻可能给对方造成的损失，并应当在合理期限内提供证明。当事人迟延履行后发生不可抗力的，不免除其违约责任。