一,在选择合适的色谱柱时，需考虑的因素有很多：
（1）选择一个固定相，根据分析对象的选择性、极性和固定相分子中苯基含量进行仔细判定；
（2）要了解色谱柱直径如何影响柱效、溶质保留值、柱头压和载气流速等因素；
（3）确定多长的柱长会影响溶质的保留值、柱头压及成本；
（4）从柱容量、惰性、流失和温度上限出发，正确评估薄、厚液膜色谱柱的不同。
二,要选择色谱柱，首先需要确定要使用的是填充柱还是毛细管柱。
填充柱比毛细管柱具有更高的样品容量，虽然这一差距由于hp发明了大孔 530mm 毛细管而大大缩小。检测器灵敏度的改进也减少了对大剂量样品的需要。填充柱可能具有优势的领域是气体样品的分析。现代液相色谱中，分离效果好坏很大程度上取决于色谱填料的选择。
三，毛细管柱
1.色谱柱材料,这种材料必须尽可能是惰性的，尤其是对于痕量分析或容易拖尾的化合物，例如硫醇或类似的活性化合物。对于毛细管柱，熔融石英是可选的材料。
有两种类型的熔融石英毛细管柱：壁涂开管柱 (wcot) 色谱柱和多孔层开管柱 (plot) 色谱柱。wcot 色谱柱是固定相液膜涂渍在去活的色谱柱壁上。这是气相色谱中较常用的色谱柱。plot 色谱柱中固定相是固体物质涂渍到色谱柱壁上。
填充柱可以是玻璃或金属，通常是不锈钢的。金属虽然比较有活性，但其对非极性物质比较稳定。但是如果样品中有极性组分需要分析，请选择玻璃柱。如果玻璃柱还是活性强（引起峰拖尾、样品丢失等），请进行去活处理。
2.固定相,选择毛细管柱时，首先需要确定是否需要 plot 色谱柱。下面是 3 种 plot 色谱柱的典型应用领域：分子筛 不挥发气体，对水比较敏感二乙烯基苯 (dvb) — hp-plot q c1 到 c3 全部异构体的分离，部分 c4 和更高的（直到 c14）的异构体分离，极性化合物，挥发性溶剂可以允许含水氧化铝 al2o3 c1 到 c10 异构体的分离, 对水比较敏感.
四,填充色谱柱
1.正相色谱,正相色谱用的固定相通常为硅胶（silica），以及其他具有极性官能团，如胺基团
(nh2,aps)和氰基团（cn，cps）的键合相填料。由于硅胶表面的硅羟基（sioh）或其他团的极性较强，因此，分离的次序是依据样品中的各组份的极性大小，即极性强弱的组份首先被冲洗出色谱柱。
2.反相色谱,反相色谱填料常是以硅胶为基础，表面键合有极性相对较弱的官能团的键合相。
反相色谱所使用的流动相极性较强，通常为水，缓冲液与甲醇，已腈等混合物。
样品流出色谱柱的顺序是极性较强组合首先被冲出，而极性弱的组份会在色谱柱上有
更强的保留。常用的反相填料有c18（ods）、c8（mos）、c4（b）、c6h5（phenyl）等。
3.聚合物填料,聚合物调料多为聚苯乙烯-二乙烯基苯或聚甲基丙酸酯等，其主要优点是在ph值为1～14均可使用。相对与硅胶基质的c18填料，这类填料具有更强的疏水性；大孔的聚合物填料对蛋白质等样品的分离非常有效。现在的聚合物填料的缺点是相对硅胶基质填料，色谱柱柱效较低。
4.其他无机填料,其它hplc的无机填料色谱柱也已经商品化。由于其特殊的性质，一般于特殊的用途。如石墨化碳也用于正逐渐成为反相色谱填料。这种填料的分离不同与硅胶基质烷基键合相，石墨化碳的表面即是保留的基础，不再需其它的表面改性，该柱填料一般比烷基键合硅胶或多孔聚合物填料的保留能力更强，石墨化碳可用于分离某些几何导构体，又由于hplc流动相中不会被溶解，这类柱可在任何ph与温度下使用。氧化铝也可用于hplc，氧化铝微粒刚性强，可制成稳定的色谱柱柱床，其优点是可在ph高达12的流动相中使用。但由于氧化铝与碱性化合物作用也很强，应用范围受到一定的限制，所以未能广泛应用，新型氧化锆填料也可用于hplc，商品化的仅有聚合物涂层的多孔氧化锆微球色谱柱，应用ph范围1～14，温度可达100℃。由于氧化锆填料几年才开始研究，加之面临的实验难度，其重要用途与优势尚在进行中。