1.保持全自动液体灌装机输送管清洁。尤其是间接或直接接触材料的输送管，要维持清洁，每星期清洗一次。原料储藏罐要擦洗消毒杀菌，确保接触材料的各部分无浮灰、杂菌。
2.确保瓶装液体在生产过程中的微生物稳定性和杀菌性能。熟练掌握消毒时间和环境温度，保证消毒杀菌效果，防止消毒时间过久或环境温度过高，减少液体氧化。消毒杀菌后，应尽快冷却，使环境温度在35℃以下。
3.低温灌装是全自动化液体灌装机的主要需求。普通液体在低温条件下不容易出现气泡，易于充填。
4.全自动液体灌装机在每次工作前，先使用0~1℃的水对灌装机及输送管道实现降温。在装填环境温度高于4℃时，应在装填前将环境温度降到较低。选用保温箱式恒温灌装，使材料在标准规定的灌装时间内保持一定的恒温，防止灌装机因环境温度过高而造成不稳定工作。
5.充填设备应尽量避免与其他的机器设备隔离。防止灌装机润滑部分与填料部分交叉污染。输送机的润滑应选用专用型的皂液或润滑剂。无论是整体环境卫生，还是机器设备的长期使用，合理清洁全自动液体灌装机都是十分必要的。