压力喷雾干燥机的操作是影响产品质量的重要环节，必须严格按照工艺操作规程操作，才能达到合格的产品质量。准备工作，清除干燥室和其他系统中残留的灰尘和杂质，消毒工作环境；组装好雾化器装置后，检查其气密性。
当压力喷雾干燥机开始喷雾干燥时，及时将高压泵、进气风扇、排气风扇和雾化器调整到理想的工作状态。在确定理想的工艺条件后，必须严格控制操作并保持稳定，以获得质量稳定的高质量产品。
压力喷雾干燥机运行过程中，进排气温度必须保持稳定，浓缩乳的浓度和温度应稳定；雾化状态稳定。一般采用保持排气温度稳定和调整其他因素的操作来控制产品质量。严格执行卫生制度，避免细菌和外来杂质的污染，以确保成品的卫生质量。
防止物料破损和突然故障，如水、电、蒸汽或其他故障，从而避免产品质量问题或机器故障。压力喷雾干燥机运行完成后，关闭高压泵，关闭主蒸汽阀，打开旁通阀去除残留蒸汽，拆除喷嘴，关闭进、排气扇，启动振荡器敲落操作室内的奶粉，打开干燥操作室门进行手动扫粉或机粉，停机。