上牌后车辆合格证是存入车管所的机动车档案里，同时在申请注册登记的时候，应当提交申请表、个人身份证明、车辆购买证明、车辆合格证明、完税证明等。
一、上牌后车辆合格证去哪里了
上牌后车辆合格证存入机动车档案，存档在车管所。
申请注册登记的，机动车所有人应当填写申请表，交验机动车，并提交以下证明、凭证：
1.机动车所有人的身份证明；
2.购车发票等机动车来历证明；
3.机动车整车出厂合格证明或者进口机动车进口凭证；
4.车辆购置税完税证明或者免税凭证；
5.机动车交通事故责任强制保险凭证；
6.车船税纳税或者免税证明；
7.法律、行政法规规定应当在机动车注册登记时提交的其他证明、凭证。
不属于经海关进口的机动车和国务院机动车产品主管部门规定免予安全技术检验的机动车，还应当提交机动车安全技术检验合格证明。
二、上牌车辆合格证丢了怎么办
上牌车辆合格证丢失是需要补办的应该及时带上行驶证原件、车主身份证原件和交通事故责任强制保险及相关资料到当地车管部门申请补办。如果机动车在非检验有效期内或者异地登记的，需要按照情况补办检验或者转移资料才可以。
三、车辆上牌的流程
车辆上牌的流程如下：
1.交购置税：填表按照发票上面的信息填就行了。
2.拍照：在办证大厅边写着拍照的字样的地方。
3.验车：新车确切来讲是新款的车型必须上流水线检测，老款车型的有备案的就不用上检测线了，具体问一下4s店，要不要上检测线就行了。
4.牌照申领：拿一份申请注册表，照着样张抄一下，别把样张上的名字也抄上去了哦。排队递给受理，核对一下证件，无误，把单子交给受理员，等着行驶证做好。等通知后携带相关材料领取即可。