高效液相色谱仪的是重要的部件，其常见的故障主要有两个：泵垫圈故障和单向阀故障。
泵垫圈一般常见的是垫圈受损污染系统和渗漏。为了避免上面故障我们可以这样做：在启动泵前一定要通过泄液阀抽净泵里的空气，使用超纯水、纯度高的试剂和色谱级溶剂配置流动相，用缓冲盐洗脱时,分析结束后一定要用水冲洗泵和整个流路系统,最后用有机溶剂充满系统，配好的流动相一定要抽滤脱气,即便仪器有在线脱气装置,也在上机前进行抽滤。
单向阀故障一般是由于球与阀座密封不严，导致液体倒流，造成压力不稳，甚至球与阀座粘在仪器阻死。为避免单项阀中的宝石球和阀座被污染,流动相应使用hplc级的溶剂,并且配好的流动相一定要用0.45um滤膜过滤和脱气