单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms，snps）是dna序列中单个核苷酸替换导致的，通常snp位点构成两个等位基因。在人类基因组中，具有丰富的snps，据预测每1000个碱基就会有1个snp发生。snps位点与许多人类疾病相关，包括癌症、代谢疾病、自身免疫疾病、神经性疾病、传染病等。另外，研究snps对畜牧养殖、农作物育种也有非常重要的意义。对于snps分型分析除了传统的dna测序、毛细管电泳、质谱、色谱法，我们还可以通过envision多功能酶标仪的多种检测模式进行高通量snps分型分析。
方案一经典的fp-tdi单核苷酸多态性检测fp-tdi(template-directed dye-terminator incorporation assay with fp detection)是经典的snps分型检测方法，如下图，定序引物是一种未经修饰的引物，其3’端靠近多态或突变位点的上游。当加入不同荧光团标记的ddntp、dna聚合酶和靶标dna孵育时，等位基因特异性标记ddntp与tdi引物结合。激发反应中的荧光染料来检测fp信号的变化，可以简单快速地确定靶标dna分子的基因型。应用envision fp检测模式，不论是单链合成dna寡聚核苷酸还是pcr扩增产物双链dna片段，都可以作为fp-tdi检测模板，检测方法的高灵敏、高特异性得到验证。
方案二alphascreen均相snps分型检测技术alphascreen技术可用于开发高通量核酸检测，如下图，通过通用寡核苷酸将探针分别桥联在供体和受体微珠上，通过探针结合靶基因序列达到检测目的 。这种方法可以检测到浓度低至10amole的单链dna。alphascreen与等位基因特异性扩增（asa）和等位基因特异性杂交（ash）的结合，可开发两种均相单核苷酸多态性（snp）基因分型平台。这两种类型的检测都非常灵活、稳定、准确，每个基因型的基因组dna样本含量仅需2ng。使用asa分析对12个snps和使用ash分析的7个snps进行了alphascreen验证研究。580多个样本进行了基因分型，准确率>99%。这两种检测方法非常简单，不需要pcr后操作。在96孔和384孔板中成功地进行了基因分型，体积低至2μl，大大减少了基因分型所需的试剂和基因组dna的数量。
方案三基于化学发光双报告基因检测的snps功能分析snps调控的蛋白表达，在畜牧养殖、育种有着非常重要的意义。β-乳球蛋白是牛奶中主要的乳清蛋白，约占牛奶总蛋白的10%，但有可能导致食用后过敏。一项关于杂合子奶牛乳汁中blg b亚型浓度的全基因组关联研究（gwas）检测到blg基因内或附近存在一组高度显著的单核苷酸多态性（snp）。其中blg基因第1外显子+78 bp处存在同义g/a突变（chr11:103256256g>a）。在转染的cho-k1和mcf-7细胞中的荧光素酶报告分析中评估了该snp的a等位基因（称其为b’）对blg表达的影响，通过envision化学发光双报告基因检测发现，b’纯合子大大降低blg蛋白表达量。另外发现，携带b’ blg等位基因奶牛产奶所含的酪蛋白含量非常高，有助于提供乳酪产量。因此，通过高通量snps筛选，可以获得优良的品种。