生物安全柜的工作原理主要是将柜内空气向外抽吸，使柜内保持负压状态，通过垂直气流来保护工作人员；外界空气经空气过滤器( high-efficiency particulate air filter, hepa过滤器)过滤后进入安全柜内，以避免处理样品被污染；柜内的空气也需经过hepa过滤器过滤后再排放到大气中，以保护环境。
生物安全柜的安装
1. 生物安全柜在运输过程中不得侧置、冲击、碰撞，且不能受雨雪的直接侵袭及日光暴晒。
2. 生物安全柜的工作环境为10~30℃ ,相对湿度为<75%。
3. 设备应安装在不能移动的水平面上。
4. 设备必须安装在靠近固定电源插座处，在没有连接外排系统的情况下，其顶部距离房间顶部障碍物至少200mm距离，后面与墙面间隔至少300mm距离，以利于外排气流畅通和安全柜的维护。
5. 在高海拔地区使用，安装后必须重新校正风速。
6. 为了防止气流干扰，要求不得将设备安装在人员往来的通道中，并且不得使生物安全柜滑动前窗操作口正对实验室的门窗或靠门窗太近，应远离人员活动，物品流动及可能会扰乱气流的地方。