柑桔嫁接苗的管理，无论是保护地还是露地嫁接苗，主要包括检查成活、补接、解除薄膜、剪砧（腹接）、除萌、摘心、整形、除草施肥及病虫害防治等项工作。
1）检查成活、补接、解除薄膜 嫁接后根据季节、气温不同，检查成活、补接、解除薄膜的时间亦不同。春季从嫁接后到抽梢所需时间一般为30天左右，有时因低温时间长，甚至60天才能解除薄膜。5~6月嫁接未作露芽缚扎的可在15~20天解除薄膜。9~10月（秋季）嫁接的则在次年春季（3月）检查成活，凡未成活者应及时用同一品种进行补接。
2）剪砧、除萌、扶直 腹接的苗木应剪砧，剪砧一般分两次进行，第一次剪砧在接芽成活后于接口上方10~15厘米剪去上部砧木，待第一次梢停止生长后从接口处以30度角剪除余下砧桩，此次剪口必须光滑。砧木上抽生的萌蘖应每7~10天削除一次，忌用手掰，及时除萌利于接芽生长。有的品种抽枝披垂（如温州蜜柑）。在第一次剪砧后需要扶直，可用薄膜带等将新梢捆于砧桩上，第二次剪砧后应立支柱扶直。
3）摘心、整形 当嫁接苗长至40~50厘米时应摘心、整形，摘心后促使在30~40厘米处抽生分枝，摘心时间一般在7月上中旬，摘心高度因品种不同而有差异，摘心前应施足肥水促抽发枝。分枝抽生后除留3~5个方向分布均匀的外，其余剪除，作密植栽培用的苗木，摘心高度可略降低。
4）除草、肥水管理和防病治虫 苗圃应经常除去杂草。从春季萌芽前至8月底，每月应施肥一次，最后一次肥一般不超过8月底，以免冬梢抽生受冻，肥水管理应以勤施、薄施腐熟人畜粪肥为主，辅以化肥，以满足苗木生长需要的养分条件。苗期应注意防治炭疽病、红蜘蛛、黄蜘蛛、蚜虫、凤蝶、潜叶蛾等苗木常见病虫害。