选择气相色谱仪首先要考虑的是气相色谱仪毛细血管柱，而气相色谱仪毛细管柱需要考虑的因素有：固定相、内径、柱长度和液膜厚度。
毛细管柱的固定相从理论上遵循相似性原则，即用非极性固定相分析非极性物质，用极性固定相分析极性物质，用含芳香基团的固定相分析芳香族被分析物。
① 一般来说，拿到一个未知的被分析物，可以采用盲摸的原则进行：可以从非极性柱或弱极性柱如spb-1或spb-5开始试用，如效果不好，再按极性渐强的顺序选用中等极性直至高极性柱逐一尝试，直到有较令人满意的分析结果即可确定适用的柱极性。
② 低流失(“ms”)毛细管柱通常更为惰性，有更高的温度上限,适用于ms检测器。
③ 能使用非极性固定相就不要使用极性固定相，非极性固定相比极性固定相具有更长的寿命。
④ 要选用与被分析物极性相似的固定相。
⑤plot柱用于在高于室温的柱温下来分析气体样品。
⑥ 分析二甲苯等芳烃异构体，wax类强极性毛细管柱。
⑦ 在做应用方法确证时，可同时使用非极性柱和极性柱，对色谱峰鉴定或分离结果进行确证。
⑧ 通常做农药分析方法确证时，选用弱极性或中等极性毛细管柱（如5%苯基，95%苯基甲氧聚硅氧烷和7%氰甲基，7%苯基，86%甲基聚硅）；做残留溶剂分析方法确证时，选用中等极性或弱极性毛细管柱（-5ms和-624/-vms）；做醇类或fame分析方法确证时，选用peg和含氰基固定相毛细管柱；做汽油中氧化物分析方法确证时，选用-1和peg毛细管柱。