金橘的常见病害为根腐病，大多是由于土壤清水引起的，盆栽者烂根的比较多，宜注意排除地下水，盆栽时宜苗盆相称，盆土不能过湿，以增强树势，减少发病率。初发生时，可适当节水、排水；严重时很难恢复，可及早除去病株，加强键株的管理。其他病害有炭疽病、树脂病，但较少发生，可按一般植物的病害预防措施，经常喷洒波尔多液、800信代森铵、2000倍甲基拖布津等药剂预防。
金橘常见的害虫有红、黄蜘蛛刺吸枝叶树液， 6－9月发生最盛，严重损伤树势，可喷布波美0.3度石硫合剂，或1000倍40％乐果乳剂加800倍80％敌敌畏乳剂，或50三氯杀螨矾可湿性粉1500倍液，共3－4次，每半月一次，连续预防，效果显著。
另外，有一种潜叶蛾广泛危害柑桔的嫩枝嫩叶，金橘也易遭受其危害，以夏、秋梢发生期危害最盛，可在新梢萌发一厘米长时，喷射生物农药苏云金杆菌或杀瞑杆菌的1000倍液，效果特佳，且可防止果实污染。