公司合并应该按照以下程序处理，具体为：
1.由合并方签订合并协议；
2.编制资产负债表和财产清单；
3.公司自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，可以要求公司清偿债务或者提供相应的担保；
4.合并方的债权和债务由合并后存在的公司或新成立的公司继承。
根据相关法律规定，公司合并可分为吸收合并和新设合并。吸收合并又称存续合并，是指通过将一家或多家公司合并为另一家公司的法律行为；合并公司解散，法人资格消失，接受合并的公司将继续存在并办理变更登记手续。新设合并是指在消除各自法人资格的前提下合并成公司的法律行为，合并结果是原公司法人资格均被消灭，新成立的公司办理设立登记手续，取得法人资格。
二、公司合并中股东不同意怎么办
股东不同意公司合并可以请求公司以合理的价格收购股权。公司合并需要经过股东大会特别表决通过，根据相关法律规定，公司合并的，债权人可以要求偿还全部债务。
《中华人民共和国公司法》第四十三条【股东会的议事方式和表决程序】股东会的议事方式和表决程序，除本法有规定的外，由公司章程规定。
股东会会议作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。
三、公司合并的好处和坏处是什么
公司合并的好处如下：
1.相对于收购而言，企业合并不用支付现金或少付现金而主要是通过交换股票的方式进行，主合并方避免了巨大的融资压力和现金流出，并把由此产生的现金流量投入到合并后企业的重点发展领域，不影响合并后企业的资金周转和经营。目标公司股东可自动成为存续公司或新设公司的股东，保证了企业经营的连续性和稳定性，有利于合并后企业的整合和运作。
2.企业合并协议是在合并双方相互充分协商基础上达成的自愿联合，相对于敌意收购而言，操作简便，避免了敌意收购可能造成两败俱伤的风险。
3.对于参与合并的企业股东而言，由于企业合并主要不以现金进行交易，可以享受延迟纳税的税收优惠待遇。
从被兼并方的角度来看，已知的可能出现的坏处：
1.可能造成国有资产价值低估和流失;
2.被兼并的公司由于主权受到限制，盈利被迫分层;
3.同样由于主权受限，被兼并公司员工可能面临薪酬福利变动、强制裁员等情况;
4.国企之间并购过多地依赖银行贷款，融资渠道单一，会导致并购风险的扩散。国企并购的体内5.循环局限了交换的市场范围，不利于企业价值的发现，也不利于企业问题的解决。