1、模板dna的变性（90℃-95℃）：
模板dna经加热至90~95℃一定时间后，使模板dna双链或经pcr扩增形成的双链dna解离，使之成为单链，以便它与引物结合，为下轮反应作准备，双链dna在高温作用下，氢键断裂，形成单链dna。
2、模板dna与引物的退火（复性）（60℃-65℃）：
模板dna经加热变性成单链后，温度降至50~60℃，引物与模板dna单链的互补序列配对结合。温度降低，引物与dna模板结合，形成局部双链。
3、引物的延伸（70℃-75℃）：
dna模板--引物结合物在dna聚合酶的作用下，于70~75℃，以dntp为反应原料，靶序列为模板，按碱基配对与半保留复制原理，合成一条新的与模板dna链互补的半保留复制链重复循环变性--退火--延伸三过程，就可获得更多的“半保留复制链”，而且这种新链又可成为下次循环的模板。每完成一个循环需2～4分钟，2～3小时就能将待扩目的基因扩增放大几百万倍。pcr全称为聚合酶链式反应，是一种用于放大扩增特定的dna片段的分子生物学技术。在taq酶的作用下，以dntp为原料，从引物的3′端开始以从5′到3′端的方向延伸，合成与模板互补的dna链。每一循环经过变性、退火和延伸，dna含量即增加一倍。