离子色谱仪主要用于环境样品的分析，包括地面水、饮用水、雨水、生活污水和工业废水、酸沉降物和大气颗粒物等样品中的阴、阳离子，与微电子工业有关的水和试剂中痕量杂质的分析。检测灵敏度一直都是分析仪器性能的一个重要指标，想要提升离子色谱仪的检测灵敏度，首先要确保仪器处在较佳工作状态，得到稳定的基线，再将检测器的灵敏度设置在较高灵敏档，这是提高检测灵敏度较简单的方法。在分析中，增加进样量、采用浓缩柱和采用微孔柱等可改善检测灵敏度。
一、增加进样量：
直接进样的进样量上限取决于保留时间zui短的色谱峰与死体积之间的时间，如用ionpaccs12a柱，12mmol/l硫酸作淋洗液，进样体积1300ul，用电导检测器可检测ug/l的碱金属。
在阴离子分析中，若用亲水性强的固定相，以naoh为淋洗液，特别是梯度淋洗时，由于梯度淋洗开始时naoh浓度低，又由于通过抑制器后的背景溶液是低电导的水，几乎无水负峰，可适当增大进样量。进样量为750ul可检测10ˉ1ug/l的常见阴离子。
在阴离子分析中，若用co32ˉ或hco3ˉ作流动相，由于fˉ峰(保留时间zui短的峰)靠近水负峰，增加进样量，水负峰增大，fˉ峰甚至与水负峰分不开。另一方面由于fˉ的保留时间一般小于2min，若进样量大于1ml，流速为1～2ml/min，fˉ没有足够的时间参加色谱过程，因此峰拖尾定量困难。
二、采用微孔柱：
双系统全自动离子色谱仪中常用的标准柱直径为4mm，微孔柱直径为2mm，在微孔柱中进与标准柱同样质量的样品，检测器会产生4倍于标准柱的信号，且淋洗液的用量为标准柱的四分之一，可减少淋洗液的消耗。
三、采用浓缩柱：
浓缩柱一般只用于较清洁样品中痕量成分的检测。使用浓缩柱时注意，不要使分离柱超负荷，柱子的动态离子交换容量小于理论值的30%。