真空冷冻干燥机的低温干燥是预先将含有大量水分的物料冷冻以降低温度并将其冷冻成固态，然后在真空泵的标准下立即将水蒸气升华，并且在冷冻和清洁过程中，材料本身会留在冰架上。因此，干燥后其体积不会改变，疏松的多孔结构需要在升华过程中消化和吸收热量。产品本身的温度将降低，升华速率将降低，从而提高升华速率并减少干燥时间，所有干燥均在较低温度下进行。产品的水分，冷冻干燥机的性能，分析干燥的控制时间和分析干燥的温度是影响水分的主要因素。对于冷冻干燥产品，要求水分含量≤3％。冷冻干燥产品的高水分含量将导致产品分解和收缩。产品含水量高的主要原因是：
1、液体药物过多。药液的厚度通常为10-15mm，且不应超过15mm。如果填充量较大，则可以考虑更换较大尺寸的容器以减小药液的厚度。药液厚度过大会使干燥过程中的传热效果变差，不利于去除产品中的水分，造成真空冷冻干燥机制品水分过高的现象。
2、干燥的产品再次吸收水分。对于易于吸收水分的品种，如果真空冷冻干燥机干燥后处理不当，产品将再次吸收水分，这将增加产品的水分含量。如果排气时气体进入冷冻干燥箱，则必须对进入导致水分高的产品的气体进行灭菌过滤和干燥。开箱即用的产品温度也会影响产品的水分含量，因此，开箱时的产品温度要高于洁净室的温度，以防止空气中的水分凝结在产品上。另外，温度为2-3°c，无尘室的相对湿度应严格控制在50％以下。