1、地层复杂。地热井钻探大多在第四纪的卵砾层、砂层、黏土层或岩层裂隙中钻井，这些地层给钻探工作带来的问题是坍塌、漏失和不易取心等，故在岩心钻探中称为“复杂地层”，即事故多，效率低。目标水层不允许灌浆封孔或严格意义的堵漏，钻进和采心都比较困难。
2、钻孔结构复杂。由于要获得分层的水文地质资料或针对不同目标贮热层，就要求隔断各含水层之间的水力。因此，下入套管的层次多，钻孔直径大，止水要求严格，井身结构复杂。
3、钻进方法多。由于地层复杂，即使在一个钻孔中，往往会遇到迥然不同的地层。因此，钻井工艺多种多样，如反循环钻井法、空气钻进法、潜孔锤钻进法和冲击钻进法等。
设备形式多。由于钻井工艺方法多，要求钻进设备与之相适应。因此，当前地热井钻探所用的设备类型繁多。
4、劳动强度大。由于孔径较大，破碎岩屑多，取心工作量虽然地质勘探孔少，但换钻具、清渣洗井等工作都是劳动强度较大的作业。