赛默飞离子阱质谱有全扫描和选择离子扫描功能，同时具有离子储存技术，可以选择任一质量离子进行碰撞解离，实现二级或多级分析功能。但离子阱的全扫描和选择离子扫描的灵敏度是相似的。广泛应用于蛋白质组学和药物代谢分析。已经出现了很多离子阱质谱与其它分析仪器联用的技术，如气相色谱-离子阱质谱联用仪、ftr-itms联用技术。
赛默飞离子阱质谱的专有技术：
1、宽带激发技术能够生成更多的结构信息数据。
2、脉冲q裂解技术保证对低质量端离子的捕获能力。
3、赛默飞离子阱质谱已获的自动增益控制保证任何扫描方式下离子阱都充满*的离子数量。
4、动态排除技术保证离子强度较低的各类离子也有机会进行二级质谱和多级质谱数据采集。
5、规一化碰撞能技术消除离子阱质谱仪二级质谱实验中的质量歧视效应，使不同仪器产生数据具有重现性。
赛默飞离子阱质谱的主要应用：
1、应对代谢物鉴定和确证，可自动查找到所有可能的代谢物。
2、应对蛋白质组学和生物标记问题，etd解离技术使赛默飞离子阱质谱成为蛋白质组学研究更强大的分析工具。
3、是实现此技术的zui仪器。etd与cid互为补充，提高蛋白序列覆盖率；保护不稳定ptm翻译后修饰基团，简化数据分析；单次进样自动启动cid和etd。
4、母离子智能选择：自动数据依赖多级质谱采集技术不仅能为用户提供预测代谢物结构信息，也能提供提供未预测的代谢物结构信息。此外，使用自动固定中性丢失数据依赖性扫描触发三级质谱扫描能检测某一类的代谢物。使用metworks和massfrontier分析软件增强复杂基质钟代谢物筛选和鉴别功能，使谱图解析更加简便。
5、赛默飞离子阱质谱可配置etd裂解源，etd能够为线性离子阱提供类似ecd的裂解碎片，在生成大量肽段碎片的同时，保护不稳定的ptm翻译后修饰集团，例如磷酸化翻译后修饰。etd功能与赛默飞世尔线性离子阱的高离子储存量相结合，是蛋白质和肽类分析的新型有效工具。