保持色谱柱的柱效、容量和渗透特性，延长柱子的使用寿命非常重要。尽管经过数十年的发展,出现了各种各样的色谱柱，如制备柱、分析柱和各种微型柱，但色谱柱主体上仍由柱体、柱内填料和两端的接头组成。由于使用了填料，并不需要很长的柱长，常规分析柱多为15-30cm的直型柱。由于液相色谱柱要承受系统高压，所以柱体一般选用金属材质。大部分色谱柱的接头为通用尺寸，可互换使用。
液相色谱柱主要由以下几个部件组成：
压帽：即安捷伦液相色谱柱两端套合于柱管端外壁的塑性圆柱帽，中部有小孔，多为聚四氟乙烯制成，用于固定筛板。
密封环：位于接头螺旋环内壁的弹性环，多为聚四氟乙烯制成，用于色谱柱两端压帽与柱外壁的密封。
柱管：多用不锈钢制成，若果使用时柱压不高于70kg/cm2时，也可采用厚壁玻璃或石英管，管内壁要求有很高的光洁度。用于柱填料的装填。
筛板：位于色谱柱两端紧贴柱管端的筛网状薄片，由烧结不锈钢或钛合金制成，孔径取决于填料粒度，一般为0.2~20&um(5~10&um)。用于防止填料从柱管内漏出。
接头：柱两端连接流动相与柱管的中空环套，由不锈钢制成。用于柱管路联通与柱端高压固定。
封头：柱两端的密封螺丝，用于保存色谱柱时封头。
柱填料：装填于柱管内的固定相担体，其直接决定了色谱柱的类型与用途，是色谱柱的核心。多为无定形或球形硅胶基质，也有环糊精、活性炭、聚苯乙烯-二乙烯基苯、聚甲基丙酸酯、氧化铝等基质，用于色谱分离。