流式细胞仪检测细胞内使得能够容易地确定是否由激活的细胞群的细胞因子的产生的结果，产生大量的细胞因子或一个人口众多的细胞，每个细胞中的细胞因子生产少量的几个单元格。此外，细胞内流式细胞仪使得能够容易地测量多种细胞因子的同时，以确定多官能性细胞，细胞内细胞因子染色，也可用于各种各样的研究，其中包括b和t细胞的分化和可塑性。
通常是由于细胞因子分泌的蛋白质，他们必须先被困在细胞内通过使用蛋白转运抑制剂。的两种蛋白质运输抑制剂：“莫能菌素a（bd golgistop）”（bd golgiplug）。莫能菌素通过互动与高尔基体跨膜娜+ + / h +运输，防止蛋白的分泌，而菌素a再分配顺/内侧的内质网高尔基复合体细胞产生的蛋白质。因此，选择不同运输蛋白抑制剂细胞因子和物种。见表1。
cd8 +细胞中的ifn-γ和il-2产生刺激外周血单核细胞与金黄色葡萄球菌肠毒素b进行6小时的布雷菲德菌素a的存在刺激后，细胞被固定和透性，使用bd cytofix / cytoperm的的缓冲液系统。以下的荧光抗体：cd3 fitc，cd4 percp循环?5.5，cd8艳紫421，ifn-γ的pe，和il-2的apc细胞染色。然后洗涤细胞。最后，使用bd facsverse的?流式细胞仪分析细胞。
屋宇署已简化具备完善的工具包，缓冲系统，以及丰富的面板的荧光抗体细胞因子和细胞表面标志物的检测。多种荧光染料偶联的表面标志物和细胞因子的抗体。这使得在染色面板设计的灵活性，支持高含量多色流式细胞仪分析，以获得最珍贵的细胞样本数据。
bd fastimmune?套件包含荧光抗体测试的鸡尾酒，适当的蛋白质运输抑制剂，兼容的缓冲区，作的准备和详细的协议，染色，产生细胞因子的细胞从全血的检测。板载检测bd facsverse流式细胞仪系统进一步简化这个过程。bd cytofix / cytoperm的缓冲已被成千上万的出版物引用，产生细胞因子的细胞通过流式细胞仪分析。研究人员选择自己的细胞因子的利息蛋白转运抑制剂使用bd cytofix / cytoperm的缓冲系统，固定，通透和细胞染色，流式细胞仪分析。
抗原特异性ifn-γ产生由巨细胞病毒（cmv）的pp65抗原刺激的cd4 + cd69 + t淋巴细胞双色流式细胞仪散点图表明ifn-γ的cd4和cd69的表达被未受刺激的t细胞（左图），seb刺激（作为阳性对照，中心板），cmv pp65抗原刺激（右图）的样品从两个捐助者。人类全血刺激菌素a定影之前，透，染色使用bd fastimmune?3色cd4细胞内细胞因子检测试剂盒的存在。使用bd流式细胞仪facsverse和的bd facsuite?软件研发试验获得的数据。