纳米银对微生物、水生生物、植物和哺乳动物等均具有一定的毒性，并显示出在食物链的传递作用。污水生物处理是城市污水处理厂的关键工艺，污水中的纳米银可能会影响其效率，进而影响污水的处理效果。
污水处理厂中纳米银含量较低，不会对污水生物处理产生明显的不利影响。但是，随着纳米银使用量的增加，纳米银的释放量也将会越来越多，这对污水生物处理的影响可能会产生较多不确定性。同时，富集到污泥中的纳米银更是对污泥的处理和处置提出了一定的风险预警。纳米银随着污水处理厂出水进入到自然水体中，也对纳米银生态毒性机理提出了更多要求。因此，纳米银对污水生物处理系统的影响及其归宿还需要做进一步研究和完善。