当石墨冷凝器的传热能力下降时，应停车检修。如果石墨冷凝器结垢严重，可以采用适当的化学方法清洗；如果管道因晶体堵塞，可以加热熔融清洗，严禁机械处理。
结垢严重怎么办？
1、机械除垢法。用铲子、切割、刷子等东西整理，用压缩空气高压水和蒸汽清洗。当石墨冷凝器结垢严重或都堵塞时，可用管式冲水钻(桶管机)清洗。
2、冲刷法。运用高压水泵打出的。水通过压力调节阀，然后通过高压软管通过便携式喷发枪喷发整理污垢。若在水中混入细石英砂作用好。
3、化学除垢。应对石墨冷凝器结垢物质进行化学分析，然后决定溶剂清洗。硫酸盐和硅酸盐水垢通常用碱洗，碳酸盐水垢用酸洗。氢氧化钠、碳酸钠、洗衣粉、洗涤剂可用于油垢焦化，并按水份额清洗。选用化学清洁时要考虑参加缓蚀剂。化学清洗后，加入清水循环冲洗几次，直至水中性停止。除以上清洁办法外，还可选用海绵球主动清洁法。